Apesar de ter sido constituído para atuar como órgão do Estado na promoção do desenvolvimento através do crédito diferenciado nas atividades produtivas da região Nordeste, o BNB é alvo de ataques do governo Bolsonaro, que não se preocupa com a missão do banco.
Uma das ameaças ao BNB foi Medida Provisória 1.052/21. A MP pretendia mutilar o FNE, por meio da redução da administração do Fundo Constitucional de Financiamento do Nordeste a quase zero e da extinção do DEL CREDERE – taxa auferida pelo risco do crédito. Mas, a luta do movimento sindical conseguiu impedir o retrocesso.
O BNB também tem sido usado para emplacar apadrinhados da base do governo federal no alto escalão. Além de defender os trabalhadores, o movimento sindical está mobilizado contra a prática de tratar o BNB como moeda de troca da esfera política.
